Dopo aver ricevuto una misteriosa lettera in cui veniva richiesto il suo aiuto, il professore è invitato da un vecchio amico a recarsi a Misthallery, città sull'acqua caratterizzata da frequenti nebbie e in cui stanno accadendo strani eventi. Nel paese sembra, infatti, che un enorme spettro stia distruggendo pezzo dopo pezzo tutti gli edifici, comparendo soltanto in occasione della nebbia e accompagnato da una musica misteriosa. In questa avventura, la prima cronologicamente parlando, il Professor Layton partirà solo dal suo ufficio universitario per poi incontrare durante lo svolgersi degli eventi Emmy, con cui si recherà a Misthallery. Negli intrecci della trama, essendo questo un prequel, viene narrato anche il primo incontro tra il professore e Luke Triton.